Подскажите, пожалуйста, оплатили счёт поставщику. После этого поставщик сделал нам скидку. Если поставщик поменяет сумму в счёте, то получается, что с

Скидка после оплаты распространённая ситуация, и образовавшаяся разница считается переплатой. Менять закрывающие документы (УПД или накладную) задним числом нельзя - для этого существуют специальные корректировочные документы. Переплата либо возвращается на расчётный счёт, либо идёт в зачёт следующих покупок.
1. Если товар ещё не отгружен и документы не оформлены
Сумма, которую вы уже перечислили, становится авансом. Для изменения цены достаточно заключить дополнительное соглашение к договору новый счёт выставлять необязательно. Переплату можно зачесть в счёт следующих поставок или попросить поставщика вернуть её.
2. Если товар уже отгружен и документы проведены
В этом случае поставщик должен оформить:
• Универсальный корректировочный документ (УКД) или корректировочный счёт-фактуру (КСФ) - на разницу в сумме;
• Дополнительное соглашение к договору или официальное уведомление о предоставлении
скидки.

Важно, если вы плательщик НДС: корректировочный счёт-фактура нужен не только для
исправления суммы, но и для корректировки вычета НДС в вашей декларации. Без КСФ от поставщика скорректировать вычет не получится