Можно ли уменьшить НДС по кассовому чеку, без счета-фактуры?

Это рискованно, потому что в Налоговом Кодексе указан документ-основание для принятия НДС к вычету и это счет-фактура.
Но суды придерживаютмя другого мнения. Например, Президиум Высшего арбитражного суда указал на то, что при продаже товаров в розницу за наличный расчет требования по выставлению счетов-фактур признаются выполненными в случае, когда продавец выдает покупателю кассовый чек (или другой документ надлежащей формы) (п. 7 ст. 168 НК РФ).
Соответственно, покупатель имеет право на принятие к вычету НДС в случае, если оплата товаров производилась с учетом налога на добавленную стоимость.
См. Постановление Президиума ВАС РФ от 13.05.2008 № 17718/07, Постановление ФАС Московского округа от 20.08.2007 № КА-А40/7956-07.
То есть, если товар куплен в розничном магазине за наличный расчет, налогоплательщики имеют право на вычет по НДС на основании кассового чека, даже если отсутствует счет-фактура. Главное, чтобы в товаром и кассовом чеке сумма НДС была выделена отдельной строкой.
Чтобы избежать проблем с ФНС, инспекторы которой отказывают в вычете НДС при отсутствии счета-фактуры в момент проведения выездной проверки, лучше проводить операцию купли-продажи в специальных договорных отделах розничных магазинов – специалисты выпишут покупателю, рассчитавшемуся наличными средствами, счет-фактуру, приходных кассовый ордер или накладную.
Когда в перечисленных документах сумма НДС выделена отдельной строкой, НДС можно принять к вычету.